Esta historia es la continuación del primer largometraje de Pokemon; "Mewtwo Strikes Back". 
Los hechos transcurren en Johto, específicamente en el "Cañon Pureza" un lugar famoso por las aguas con propiedades curativas de sus manantiales, que provienen de lo mas alto del Monte (adivinen -.-) Pureza.
Ahí, en la cima de la inmensa montaña (una de las mas altas de Johto), se dice que habitan muchas especies de Pokemon, pero que son muy pocas las personas que los han visto o investigado debido a su riguroso clima. 
Ash y cía. llegan al cañón, y descubren que la única manera de cruzarlo es en autobús, pero para variar, llegan tarde y lo pierden, por lo que deciden atravesarlo a pie, un acto verdaderamente suicida teniendo en cuenta la altura y frío de la montaña.
Pero mientras están en un albergue, el equipo Rocket hace su aparición, ¿y que hacen? si, se afanan a Pikachu.
La cuestión es que tienen un problema con su famoso globo y para su desgracia, van a estrellarse al monte. 
Así es como Ash, Misty, Brock, la chica del albergue, un investigador de agua, y una "simpática" chica llamada Domino. se encaminan ignorando el peligro al Monte Pureza, en una misión de rescate para salvar a la rata amarilla.

La cosa se complica porque, como todos supusieron, Mewtwo y sus clones se refugian en lo profundo de la montaña, lejos del hombre y sus peligros, buscando como siempre un significado a su existencia.
Giovanni ha ubicado finalmente a su arma de destrucción viviente, y se encamina hacia ahí con una desubicada flota.
Y para complicarlo todo aún mas, Domino se descubre como una miembro de elite del Team Rocket, que por supuesto termina traicionando a Ash y Cía. y capturándolos junto a los clones de Mewtwo.
Pero por supuesto las cosas no les saldrán del todo bien a Giovanni y su gente, y el asunto se decidirá con un titánico combate entre Mewtwo, los clones, Ash, Brock, y Misty contra las fuerzas del Team Rocket.

Una producción en la que no falta la violencia, pseudo filosofía, y enseñanzas sobre la importancia de la vida, Ash juega un papel muy importante en esto, lo crean o no.
La música... pss, en la versión gringa la original fue reemplazada por la misma de la primera película. <_<
Pero el ending original "Boku no Best friend E" es muy bonito. :)