La historia tiene sus raíces 40 años antes de nuestra época, con el completamente adorable Celebi (o Serebii, como les guste mas), Pokemon conocido como la Deidad del Bosque, huyendo de dos monstruos, un Houndoom y un Scyther, que lo persiguen incansablemente, comandados por un ambicioso cazador de Pokemon.
Tras una larga persecución, finalmente parece que a Celebi se le acabaron las fuerzas y va a ser capturado, cuando aparece un chico de mas o menos la edad de Ash, llamado Yukinari  (Sammy en la versión gringa), quien antes de ingresar al bosque había sido advertido por Towa (una chica que vivía cerca de ahí) de que si escuchaba la voz del bosque, debía permanecer inmóvil. El pibe este se encuentra con la extraña escena de Celebi y sus perseguidores, y lo rescata, huyendo con el herido Pokemon en brazos.
Después de internarse en el bosque Ilex, Celebi, al ver que el cazador no tardará en hallarlos, usa lo que le queda de energía para crear una puerta dimensional que les permite viajar por el tiempo. 

Con el transcurso del tiempo, Ash y Yukinari se vuelven grandes amigos, y sienten que una extraña afinidad los une (no, no son gays... creo)
A pesar de todas sus resistencias, Celebi es capturado por una de las "Dark balls" de Bisashu, y se vuelve una criatura maligna y peligrosa, que amenaza con destruir el bosque y toda la naturaleza. 
Solo Ash y Yukinari, con quienes Celebi ha entablado una gran amistad, y, la ayuda del felino legendario Suicune, podrán salvar la situación. 

Esta película... ah, muy linda, sinceramente, me gustó mucho, los escenarios son impecables, la música muy bonita, y la historia es dramática sin exagerar (especialmente al final *sniff*) muy, muy recomendable, incluso revela cierta información interesante con respecto a la identidad de Yukinari... ;)
 

Cover del DVD Poster de cine.