A lo largo de la historia, el manga de Pokemon Special pasa por 7 arcos argumentales diferentes, moviéndose a diferentes regiones, diferentes protagonistas, y diferentes tramas. Aunque al final siempre terminan entrecruzándose una con otra y reuniéndose todos. =D
 

Saga Red/Green/Blue (Volúmenes 1-3)

El inicio de la historia se concentra en Red y su crecimiento como entrenador, desde el momento en que sale de Masara Town, Pokedex en mano. 
Retará Gym Leaders, luchará y aprenderá de su rival Green, conocerá a la políticamente cuestionable Blue, lidiará con el complot del Rocket Dan, y finalmente competirá en el torneo de la Liga Pokemon.
Las personalidades de los protagonistas, los Gym Leaders, y los personajes secundarios se desarrollan acá.
Esta es la base de la historia, que marca el punto de arranque para todo lo que sigue.

Saga Yellow (Volúmenes 4-7)

Dos años después de la final de la Liga Pokemon, y tras aceptar un desafío a luchar, Red desaparece misteriosamente, dejando como única pista un mortalmente herido Pikachu, que aparece en el laboratorio del Profesor Ookido.
Así de la nada aparece un chico, que se rehúsa a revelar su nombre u origen, pero dice ser amigo de Red, y está decidido a encontrarlo. A regañadientes, Pikachu lo acepta como su entrenador temporal.
¿Quién es? ¿Qué son esos misteriosos poderes? ¿por qué la Elite Four parece estar tras él?
¿Y dónde carajo está Red?
*Insertar música misteriosa*
Acá se arma la groxa contra la Elite 4. Todos contra todos. Así mal. =D

 

Saga Gold/Silver/Crystal (Volúmenes 8-15)

Kanto vuelve a estar en paz, pero al otro lado del mar, en Johto, otra vez pinta para armarse quilombo. =D
Gold, pibe calentón y creído, anda por ahí hasta que una sucesión de eventos lo llevan a encontrarse con Silver, un ladrón de Pokemon que se lleva un Totodile del Profesor Utsugi.
Por lo que, en un extraño acto de justicia, Gold decide darle caza para recuperar el monstruo robado. Obviamente todo va a complicarse al carajo cuando se revele la verdadera trama; el plan maligno del igualmente hijo de puta Mask of Ice, quien está tras la pista de Ho oh y Lugia. La cosa se pone aún mas jodida cuando el mencionado villano resulta ser (OMG!) uno de los 16 Gym Leaders. O_O

Saga Ruby/Sapphire (Volúmenes 16-22)

¡Entra Hoenn! Ruby siempre quiso ser un Coordinador Pokemon, pero su padre Senri insiste en que sea Entrenador para luego seguir sus pasos de Gym Leader. Sapphire, por otro lado, es una chica, ehm... salvaje, y amante de las batallas. Tras un accidentado encuentro, los dos deciden hacer una competencia: Dominarán todos los Contests y Gyms de Hoenn respectivamente, ¡en 80 días! @_@
La organización maligna de turno es (por supuesto) los Equipos Magma y Aqua, que, al igual que en los juegos, tienen sus planes de conquista mundial con Groudon y Kyogre.
Y obviamente los dos protagonistas (que empiezan a llevarse... mejor ;D) quedaran envueltos en el quilombo.

Saga Fire Red/Leaf Green (Volúmenes 23-26)

De nuevo en Kanto, Red, Green, y Blue vuelven a las andadas, con un nuevo look y todo. ;D
Red y Green regresan a Masara Town después de sus largos viajes, pero algo no anda bien; ¡el Profesor Ookido fue secuestrado y llevado a las Sevii Islands!
Determinados a rescatarlo, el trío va en su búsqueda a dicho lugar, sólo para encontrarse con el nuevo "San-jyuu-shi" (Trío de bestias Guerreras >_O) del Rocket Dan: Chakura, Ouka, y Saki, quienes se pasean con Deoxys, y los pobres recibirán la golpiza de sus vidas. ¿Su salvación? Digamos que hay otro Pokemon Psíquico uber poderoso rondando por ahí...
La saga ya finalizó en japón, y el final fue, me atrevo a decir, chocante. Mucho.


 

Saga Battle Frontier (Volúmenes 26-???)

Acá aparece el protagonista más raro de todos; Emerald. Enano malhumorado con pistola de agua y tacos O_O. Pese a su aspecto, es un experto en el combate Pokemon, y debe superar las siete Facilities en una semana.
No tiene monstruos propios, por lo que usa los de Crystal (quien tiene uno de cada no-legendario que existe o_o) para sus diferentes batallas. Un extraño con armadura se aparece en la Battle Frontier y ataca a Datsura, diciendo que anda en busca de Jirachi.
Los Lati@s están involucrados de alguna forma con la misión de Emerald, ¿pero quien lo envía, y que busca? Evitar una catástrofe de proporciones épicas.
Esta saga sigue publicándose en Japón.




Saga Diamond/Pearl (Todavía no se publican en formato tankoubon)

La chica que conocemos como Dawn no tiene nombre aún en Pokemon Special (de seguro se lo van a dar cuando salga el tercer juego), y solo se la conoce por su apellido; Berlitz (o_ô). Esta chica viene de una antigua familia ultra-adinerada, que tiene como tradición que sus descendientes deban viajar por Sinnoh hasta el Mt. Tengan para conseguir materiales para su escudo familiar. Viendo la tarea como muy peligrosa para ella, su familia le asigna dos guardaespaldas para protegerla en su travesía, pero debido a una confusión, Berlitz asume que los mencionados custodios son Diamond y Pearl, una pareja de comediantes que no tienen nada que ver, y se meten creyendo que es un concurso de TV con una gran recompensa al final. Pobres.